Οι δύο αιώνες που θα ακολουθήσουν θα είναι και οι τελευταίοι για το Βυζάντιο. Η ανακτημένη Βυζαντινή Αυτοκρατορία, μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους, θα είναι σαφώς μικρότερη σε μέγεθος. Αρκετά από τα "κράτη" που δημιουργήθηκαν στην πορεία του χρόνου, δεν θα επανενταχτούν στο Βυζάντιο. Μέσα σε αυτά, βρίσκεται η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας αλλά και το Δεσποτάτο της Ηπείρου.

Η επιτυχία του αυτοκράτορα Μιχαήλ του Η' ήταν μεγάλη, αφού ο ίδιος συνέβαλε καθοριστικά στην ανασύσταση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Ο Λατίνος Αυτοκράτορας βεβαίως, ονειρευόταν μια νέα Λατινική Αυτοκρατορία. Ο Μιχαήλ ο Η' όμως, τον σταματά κι ιδρύει την Δυναστεία των Παλαιολόγων. Η Δυναστεία των Παλαιολόγων μέλλεται να είναι κι η τελευταία για το Βυζάντιο.

Το 1262 μ.Χ. θα δημιουργηθεί το Δεσποτάτο του Μυστρά (Μορέως). Ο 13ος αιώνας χαρακτηρίζεται από τις σπουδαίες ανακατατάξεις στον Ελλαδικό χώρο, που είναι αποτέλεσμα της προσωρινής πτώσης του Βυζαντίου. Το Δεσποτάτο του Μυστρά θα εξελιχθεί σε έναν σημαντικό, Ελληνικό, Πολιτικοπολιτιστικό πυρήνα.

Λίγο πριν την πτώση του Βυζαντίου, χτίζεται στην Θεσσαλονίκη ο Λευκός Πύργος. Το χτίσιμο του έγινε πιθανά σε θέση παλαιού πύργου. Αποτέλεσε οχυρωματικό έργο, που οι Οθωμανοί θα λειτουργήσουν και ως φυλακή. Τα χρόνια εκείνα θα ονομαστεί "Πύργος του Αίματος" αλλά και "Κόκκινος Πύργος", μιας κι ήταν φυλακή μελλοθανάτων και οι τοίχοι γέμιζαν συνεχώς με αίμα.